Po povratku u Beograd do kraja radnog veka bio je u diplomatskoj službi. Službovao je kao ambasador SFRJ u Jordanu (1987–1991), SRJ u Siriji (1995-1999), ambasador Srbije i Crne Gore u Turskoj od 2001 do 2005, te ambasador Srbije u Rumuniji od 2009 do 2013. godine.
Popović je u okviru Ministarstva za inostrane poslove obavljao niz odgovornih dužnosti uključujući i funkciju pomoćnika ministra spoljnih poslova Srbije. Bogatu diplomatsku karijeru je zavšio 2014.
Zoran Popovič je bio vrstan znalac prilika na bliskom istoku, kao i u SSSR-u, odnosno Rusiji (u kojoj se delimično školovao). Njegove kolege i prijatelji će dugo pamtiti Popovićeve jasne, precizne i tačne analize aktuelnih geopolitičkih kretanja.
Posle demokratskih promene godinu dana je (2000 – 2001.) u beogradskom Medija centru bio koordinator za demokratsku tranziciju. Nosilac je visokog ordena Jordana i sirijskog Ordena za zasluge prvog stepena.
