Pruga Mombasa–Najrobi prolazi kroz rezervate prirode, kao što su Nacionalni park Najrobi i Nacionalni park Cavo. 

Da bi se smanjio uticaj na životnu sredinu, tokom projektovanja i izgradnje pruge preduzet je niz mera, kao na primer zaobilaženje mangrova, što je tom drvećuomogućilo da nabuja u poslednjih pet godina.

Pored toga, duž cele pruge napravljeno je ukupno 14 prolaza za divlje životinje i 79 mostova, iz obzira prema staništima i migracionim putevima divljih životinja. Veliki prolazi, visine preko 6,5 metara, napravljeni su ispod pruge kako bi velike životinje poput slonova i žirafa mogle da prođu kroz njih. 

Na obe strane pruge postavljena je ograda, sa ciljem sprečavanja životinja da prođutuda i smanjivanja mogućnosti sudara između životinja i vozova.